Échantillons biologiques

Aperçu des échantillons biologiques disponibles

Les dons d'échantillons biologiques ont été fournis peu après l'inscription ou lors de campagnes de collecte d'échantillons subséquentes. Les échantillons biologiques disponibles comprennent le sérum, le plasma, l'ADN, les globules rouges, le sang entier cryoconservé et les échantillons d'urine. L'heure depuis le dernier repas a été consignée au moment du don de sang. Les échantillons d’urine sont collectés à différents moments dans la journée. Si un participant était dans l'impossibilité de fournir un échantillon sanguin pour des raisons médicales ou géographiques, il a été tenté, dans la mesure du possible, d'obtenir un échantillon de salive ou une goutte de sang.

Collecte des échantillons biologiques

Tous les échantillons sanguins ont été prélevés chez les participants au moyen d'une ponction veineuse dans le bras dans des tubes Vacutainer Becton Dickinson selon les directives du fabricant. Le sérum a été recueilli dans des tubes SST. Le plasma, la couche leucoplaquettaire et les globules rouges ont été recueillis dans des tubes K2EDTA. Des échantillons de plasma dans des tubes PST et de sang entier dans des tubes ACD ont été recueillis auprès d'un sous-ensemble de participants.

Sur demande, l'urine a été recueillie dans un contenant stérile sans agents de conservation. Les échantillons de salive ont été recueillis à l'aide d'une trousse de collection de salive OrageneMC, souvent au domicile du participant. Les gouttes de sang ont été recueillies chez les participants à l'aide d'une carte Whatman® 903.

Expédition des échantillons biologiques

Dans le cas des échantillons de sang et d'urine traités et aliquotés au lieu de collecte par phlébotomie, les échantillons ont été expédiés et transportés sous forme congelée à -80 oC. Dans le cas des lieux de collecte par phlébotomie n'offrant pas de service d'aliquotage des échantillons biologiques, les échantillons biologiques ont été expédiés et transportés en petits lots vers un laboratoire régional de traitement souvent le jour même ou le jour suivant. Les échantillons recueillis et centrifugés dans des tubes SST, PST, EDTA et les échantillons d'urine ont été expédiés sur de la glace alors que les échantillons ACD ont été expédiés et transportés à la température ambiante.

Les échantillons de salive et les gouttes de sang ont été expédiés à la température ambiante.

Traitement des échantillons biologiques

Les détails sur le traitement des échantillons biologiques sont disponibles sur demande. L'historique préanalytique des échantillons biologiques est disponible pour chacun d'entre eux sous forme du Standard Preanalytical Coding for Biospecimens (SPREC) (Biopreservation and Biobanking; 2012:10(4) 366-374) et de Biospecimen Reporting for Improved Study Quality (BRISQ) (Cancer Cytopathology, 2011;119:92-101).

Entreposage des échantillons biologiques à long terme

Les échantillons de sang et d'urine sont entreposés à -80 oC ou à -190 oC. L'ADN est entreposé à -20 oC ou moins. Les échantillons de salive OrageneMC sont entreposés à la température ambiante selon les recommandations du fabricant. Les échantillons recueillis et centrifugés dans des tubes SST, PST, EDTA et les échantillons d'urine ont été expédiés sur de la glace alors que les échantillons ACD ont été expédiés et transportés à la température ambiante.

Échantillons réservés pour utilisation future

Une partie de chacun des échantillons des participants est conservée pour la recherche lorsque les autres échantillons sont épuisés. Les études qui nécessitent l'accès à ces échantillons nécessitent une évaluation plus poussée, car il s'agit de la dernière quantité disponible d'un échantillon biologique. Ces études doivent être dans l'impossibilité d'utiliser d'autres échantillons biologiques de la biobanque, avoir une valeur scientifique exceptionnelle et ne pas pouvoir répondre aux questions qu’elles traitent à l'aide d'une autre source disponible.

Demande d'accès aux échantillons biologiques 

S'ils ont des questions, les chercheurs qui désirent accéder aux échantillons biologiques de CanPath sont encouragés à consulter les lignes directrices et les critères d'examen de la faisabilité des échantillons (en anglais uniquement), ainsi qu'à communiquer avec le Bureau de l'accès avant de remplir et transmettre le Formulaire de demande d'accès aux données et au matériel de CanPath.

Mise à la disposition des échantillons biologiques aux utilisateurs autorisés

La plupart des échantillons biologiques ont été congelés au départ en grands volumes pour réduire l'espace requis dans le congélateur. Les échantillons biologiques seront décongelés et aliquotés avant d'être envoyés aux utilisateurs approuvés. Les échantillons biologiques seront envoyés dans des tubes ThermoMatrixMD de 0,5 mL placés dans des supports pour tubes ThermoMatrixMD (format 8 x 12). Les échantillons d'ADN peuvent aussi être fournis dans des plaques sur demande.

Les variables préanalytiques ayant trait à la collecte, à l'expédition, au traitement et à l'entreposage des échantillons biologiques seront fournies avec les données transmises, qui comprendront le code SPREC et les variables BRISQ.

Expédition des échantillons biologiques aux utilisateurs autorisés

Les échantillons biologiques seront expédiés, lorsque préparés, vers le laboratoire désigné de l'utilisateur approuvé. Seuls des services de messagerie qui satisfont aux exigences d'expédition de CanPath seront utilisés. Le moment de l'expédition sera convenu avant celle-ci. L'utilisateur approuvé devra confirmer la réception des échantillons biologiques dans les 24 heures.

Retour des échantillons de données dérivées par les utilisateurs autorisés

Les utilisateurs autorisés sont invités à retourner les données initiales (brutes) et finales (analysées) à CanPath. Les données seront utilisées pour enrichir le contenu de la base de données de CanPath conformément à la politique d'accès. Pour aider d’autres personnes à interpréter les données avec précision, les caractéristiques de l'ensemble de données doivent être clairement définies. Afin de fournir un support, le CanPath a développé les gabarits de rapport de données dérivées des analytes / rapport de données dérivées de génotypage. Le gabarit doit être utilisé par les utilisateurs autorisés pour documenter les paramètres de qualité de l’ensemble de données, et être retourné avec les données dérivées. Les gabarits étant conçus pour capturer des informations standards communes à plusieurs méthodologies, des informations supplémentaires peuvent être demandées par le CanPath pour certains projets. Le CanPath recommande que toutes les mesures d'échantillons suivent les bonnes pratiques de laboratoire, que le modèle de rapport de données dérivées soit révisé et que les essais soient planifiés en conséquence pour saisir les variables demandées.